Профсоюзная организация института имеет богатую историю, впервые юридическое оформление получила в 1959 г. Сегодня профсоюз ИМЗ СО РАН насчитывает 130 членов. Повседневная работа профкома включает в себя организацию спортивных соревнований, культурно-массовых мероприятий, защиту трудовых прав сотрудников. Сектор работы с детьми регулярно проводит творческие конкурсы, коллективные выходы на детские спектакли.

Профсоюз помогает в организации мероприятий Музею истории исследования вечной мерзлоты, оказывает поддержку хору ИМЗ СО РАН «Возрождение», которому в 2025 году исполнилось 50 лет.

Для координации работы со старшим поколением, создан Совет ветеранов ИМЗ СО РАН.